Ayasofya’nın Osmanlı dönemindeki en ünlü restorasyonlarından biri sultan Abdülmecid’in emriyle İsviçre İtalyanı olan Gaspare Fossati ve kardeşi Giuseppe Fossati’nin nezaretinde 1847 ile 1849 yılları arasında yapılmıştır. Fossati kardeşler, kubbe, tonoz ve sütunları sağlamlaştırdı ve binanın iç ve dış dekorasyonunu yeniden elden geçirdi. Üst kattaki galeri mozaiklerinin bir kısmı temizlendi, çok tahrip olanları ise sıvayla kaplandı ve altta kalan mozaik motifleri bu sıva üzerine resmedildi. Işıklandırma sistemini sağlayan yağ lambası avizeleri yenilendi. Kazasker Mustafa İzzet Efendi'nin (1801-1877) eseri olan, önemli isimlerin hat sanatıyla yazılı olduğu yuvarlak dev tablolar yenilenip sütunlara asıldı. Ayasofya’nın dışına yeni bir medrese ve muvakkithane inşa edildi. Minareler aynı boya getirildi. Bu restorasyon çalışması bittiğinde Ayasofya Camii 13 Temmuz 1849'da gerçekleştirilen bir törenle yeniden halka açıldı. Ayasofya külliyesinin Osmanlı dönemindeki diğer yapıları arasında sübyan mektebi, şehzadeler türbesi, sebil, sultan Mustafa ve sultan İbrahim türbesi (önceden vaftizhane) ve hazine dairesi sayılabilir. 1930 ile 1935 yılları arasında restorasyon çalışmaları nedeniyle halka kapatılan Ayasofya’da Mustafa Kemal Atatürk’ün emriyle bir dizi çalışmalar yapıldı. Bu çalışmalar arasında çeşitli restorasyonlar, kubbenin demir kuşak ile çevrilmesi ve mozaiklerin ortaya çıkarılıp temizlenmesi sayılabilir. Restorasyon sırasında Ayasofya’nın, "yeni Türkiye Cumhuriyeti’nin laiklik ilkesi doğrultusunda yapılış amacı olan kiliseye tekrar çevrilmesi konusunda fikirler ortaya atılmışsa da bölgede yaşayan Hristiyan sayısının çok az olmasından dolayı oluşan talep yetersizliği, bölgede bu denli muhteşem bir kiliseye karşı yapılabilecek muhtemel provokasyonlar ve mimarinin tarihî önemi göz önüne alınarak" Bakanlar Kurulu’nun 24 Kasım 1934 tarih ve 7/1589 sayılı kararıyla müzeye çevrilmiştir. 1 Şubat 1935’te ziyarete açılan müzeyi Atatürk, 6 Şubat 1935 tarihinde ziyaret etmiştir. Yüzyıllar sonra mermer zemindeki halıların kaldırılmasıyla zemin döşemesi, insan figürlü mozaikleri örten sıvanın kaldırılmasıyla da mozaikler tekrar gün ışığına çıkarılmıştır. Yapı 19 Kasım 1936’da tapuya resmen "Ayasofya'yı Kebir Camii Şerifi" adıyla kaydedilmiştir.

Ayasofya’nın sistemli olarak incelenmesi, restorasyonu ve temizlenmesi ABD’deki Bizans Enstitüsü (the Byzantine Institute of America) adlı kurumun 1931’deki ve Dumbarton Oaks Alan Komitesi’nin 1940’lı yıllardaki girişimiyle sağlanmıştır. Bu kapsamda yapılan arkeolojik çalışmalar K. J. Conant, W. Emerson, R. L. van Nice, P. A. Underwood, T. Whittemore, E. Hawkins, R. J. Mainstone ve C. Mango tarafından sürdürülmüş ve Ayasofya’nın tarihine, yapısına ve dekorasyonuna ilişkin başarılı sonuçlar elde edilmiştir. Ayasofya’daki çalışmalarda bulunmuş diğer isimlerden bazıları A. M. Schneider, F. Dirimtekin ve Prof. A. Çakmak’tır. Bizans Enstitüsü ekibi mozaik arama ve temizleme işleriyle uğraşırken, R. van Nice yönetimindeki bir ekip de binanın, taş taş ölçülerek rölövelerini çıkarma çalışmasına girişmiştir. Çalışmalar hâlen çeşitli uluslardan bilim insanlarınca sürdürülmektedir.

Ayasofya hakkında ki bilgilendirme daha sayfalarca uzar gider. Ayasofya zaten 1453’de Fatih Sultan Mehmet tarafından İstanbul’un Fethi'nde camiye çevrilmiş ve zarar gören yerleri onarılmıştır. Fatih Sultan Mehmet'ten sonra gelen padişahlarda aynı hassasiyeti gösterip yapının onarılmasında rol oynamışlardır. 

 1935 senesinde müzeye çevrilen Ayasofya mabedhanesi sadece Müslümanlara değil de İslam'ın son din olup tüm dinleri kapsaması gibi, İbadethane olarak açılırken cuma Türklere, pazar günleri’ de Hristiyanlara açıla bilinirdi, diğer günler kullanmak üzere gezmeye gelen ziyaretçilere açık olabilirdi. Zaten kimse 7/24 Ayasofya'nın kapısında yatıp kalmıyor ve ibadette etmiyor. Hem ilk katedral olarak yapılmış olan bu yapı sayesinde Hristiyanlarda sevindirilmiş olur iş kavga yerine sükûnetle halledilmiş oluna bilinirdi.

(Bitti)